Ve srovnání s prehistorickou dobou se rozsah lesů snížil asi na 9% plochy země. Většina dubových a březových porostů na východě byla vysazena, stejně tak jako rozsáhlé jehličnaté a listnanté lesy v oblasti Veluwe. Značnou část zemědělské půdy nyní zabírají komerční lesní pěstitelské školky.
Na severu tvoří zajímavý biogeografický komplex moře Waddenzee s pískovými lavicemi a bažinami. Jedná se o nejvýznamější periodicky přilivem zaplavované a odlivem obnažované území v západní Evropě, kde se vyskytuje řada druhů původních a stěhovavých ptáků, ryb a korýšů. Pobřežní duny pokrývá specifický travní porost helm a další tvrdé trávy, zatímco obnažované území přitahují slanomilné rostliny, jako je slanorožec. Původní zvířenu představují v oblasti polderů se vyskytující vydry.